针对血液中携带的蛋白质信息进行挖掘能够为疾病早诊、疾病机制理解、治疗靶点发现及个性化医疗等方面提供重要见解。新学期已经到来,让我们快速进入学习状态,看看过去的一个月研究者们利用血浆蛋白组发表了哪些成果,获取科研灵感吧~
8月8日,英国牛津大学纳菲尔德人口健康系研究团队使用英国生物样本库血浆蛋白质组数据(n=45441),利用鉴定到的2897种血浆蛋白,通过LightGBM等机器学习模型开发了基于204种蛋白质的年龄预测模型与基于20种蛋白质的简化版,并在中国慢性病前瞻性研究队列(n=3977)和芬兰队列(n=1990)中进行了验证。基于蛋白质组的衰老评分与18种主要慢性疾病的发生、多疾病共同发生及全因死亡风险相关,相关通路包括细胞外基质相互作用、免疫反应和炎症、激素调节和生殖、神经元结构和功能以及发育和分化等。
8月12日,比利时列日大学GIGA研究所团队通过两个队列STORI(n=115)和SPARE(n=211)的血清蛋白质组分析,利用单因素Cox比例风险模型评估克罗恩病患者停用英夫利昔单抗后的复发风险,发现与短期复发风险(≤6个月)和中期/长期复发风险(>6个月)相关的不同血清蛋白谱,排名前10的生物标志物均表现出优于以往标志物及模型的预测能力,显示出指导英夫利西单抗停药的潜力。
8月17日,美国明尼苏达州梅奥诊所团队通过全面分析30例巨细胞动脉炎患者来源的疾病活动期与非活动期血浆样本和对照者的血浆样本蛋白质组,鉴定出活性巨细胞动脉炎和对照组之间差异蛋白质537个,非活性巨细胞动脉炎和对照组之间差异蛋白质781个,差异蛋白提示不同的免疫反应,代谢途径和潜在的新的生理过程涉及每种疾病状态。在活动期巨细胞动脉炎患者中发现了16种与疾病活动度相关的蛋白,构建随机森林模型准确地区分了活性和非活性巨细胞动脉炎组与对照组。
8月21日,冰岛心脏协会团队使用血清蛋白质组学,在5127名冰岛老年人的前瞻性人群年龄,基因/环境易感性-雷克雅未克研究(AGES)队列中,在中位随访12.8年期间发现了303种与迟发性阿尔茨海默病事件相关的蛋白质。超过40%的这些蛋白独立于APOE-ε4载体状态与迟发性阿尔茨海默病相关,与神经元过程有关,并与脑和脑脊液中的迟发性阿尔茨海默病蛋白特征重叠。17种与迟发性阿尔茨海默病相关的蛋白强烈依赖于APOE-ε4载体状态,与脑脊液的关联基本一致,其中TBCA, ARL2, S100A13和IRF6被APOE-ε4下调,但由于迟发性阿尔茨海默病而上调,这一发现在外部队列中得到了验证。
8月14日,美国国立卫生研究院老年研究所团队使用巴尔的摩纵向衰老研究、英国生物样本库数据并对巴尔的摩纵向衰老研究队列进行了血浆蛋白质组检测,发现流感、病毒、呼吸道、皮肤和皮下感染与长期痴呆风险增加、以颞叶为代表的特定区域脑容量减少相关。在有感染史的患者血浆中,942个免疫相关蛋白中有260个存在差异表达。在感染相关蛋白中,35预测了易发生感染特异性萎缩的脑区体积变化。其中一些蛋白,包括PIK3CG, PACSIN2和PRKCB,与认知功能下降和痴呆的血浆生物标志物相关。影响免疫相关感染相关蛋白ITGB6和TLR5表达的遗传变异体可预测脑容量丢失。
8月19日,四川大学华西医院团队聚焦碎片化睡眠对葡萄糖代谢稳态和认知功能的影响,使用小鼠睡眠剥夺仪对小鼠进行间歇性触觉刺激,建立慢性碎片化睡眠模型,使用血浆蛋白质组分析碎片化睡眠小鼠血浆蛋白质变化,发现碎片化睡眠破坏了小鼠的葡萄糖代谢。该研究联合代谢组学与机制实验,首次揭示了乙酸在碎片化睡眠中维持糖代谢稳态和认知功能的重要作用,系统性解析了乙酸通过激活丙酮酸羧化酶,促进下丘脑星形胶质细胞糖酵解和TCA循环,调控葡萄糖代谢,从而维持SF中代谢稳态和认知功能。
8月29日,苏黎世大学医院团队聚焦免疫检查点抑制剂治疗相关免疫相关不良事件,通过血清蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子分析、流式细胞术等方法,阐明免疫相关不良事件发生时T细胞活性异常,I型和III型免疫标签表达改变,外周血中表达IL-17A的CD4 T细胞比例增加。该结果在免疫治疗诱导的皮疹和结肠炎样本的多重免疫组织化学和空间转录组学分析中得到验证。对2例出现轻度心肌炎、结肠炎和皮疹的患者给予抗IL-17A治疗,不良反应消失。
8月29日,英国爱丁堡大学心血管科学中心团队聚焦增强产热棕色脂肪组织功能这一治疗代谢性疾病的策略,证明了氧感受器PHD2基因的选择性脂肪细胞缺乏克服了产热棕色脂肪组织在热中性状态下的休眠。PHD2缺乏导致HIF2稳定并与Ucp1启动子结合,从而增强其在棕色脂肪细胞中的表达。对年龄、基因和环境研究中5457名参与者的血清蛋白质组学分析揭示了血清PHD2与代谢疾病风险增加相关。
8月17日,美国波士顿大学Chobanian & Avedisian医学院团队通过对434例肾脏疾病患者的血浆样本进行了血浆蛋白质组分析,发现156种血浆蛋白质与急性肾小管损伤显著关联,其中骨桥蛋白、巨噬细胞甘露糖受体1和粘连蛋白C等生物标志物表现出了最强的关联性,并识别出了一系列与急性肾小管损伤严重程度密切相关的血浆生物标志物。结合区域转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序等手段,发现急性肾小管损伤的发病机制与免疫调节和细胞器应激反应等生物学过程密切相关。在肾脏精准医学项目(n=44)、社区动脉粥样硬化风险研究(n=4610)以及COVID-19宿主响应与临床结果研究(n=268)队列中验证了急性肾损伤相关的急性肾小管损伤生物标志物。
通过对以上前沿文章的学习,想必大家对血浆蛋白质组的研究思路和研究方法有了更深刻的认知。不难看出,血液作为最易获得的临床微创样本,在疾病诊疗标志物发现中起到了重大作用。皇家马德里中文官网针对血浆蛋白质组研究标志物筛选、风险预测、患者分型分析需求,独家推出疾病标志物筛选、预后标志物筛选、分子分型高级分析报告,助大家在科研的海洋中乘风破浪。