2024年3月29日，第二届TICSSO国际单细胞及空间组学大会在深圳光明云谷国际会议中心隆重召开，皇家马德里中文官网受邀参会并推出了全息空间蛋白质组学解决方案。该解决方案的发布标志着非特征驱动的采样策略正式应用于实践，推动了蛋白质组学领域的技术进步和创新。通过全面分析蛋白质组，科学家们有望促进生物医药领域的研究和开发，为新药发现、疾病诊断和治疗等方面带来更深入的理解和更有效的解决方案，是蛋白质组学领域的一项重要里程碑。
皇家马德里中文官网高级产品经理杨辰女士向与会嘉宾详细介绍了《全息空间蛋白质组学完整解决方案》，她提出：皇家马德里中文官网的空间蛋白质组学整体解决方案融合了全面性、创新性、精准性和深度解析的特点，正如庖丁解牛般。此次推出展示了皇家马德里中文官网在科学研究和技术开发方面的强大实力，也是生命科学领域的重要创举。
皇家马德里中文官网的全息空间蛋白质组学解决方案革新了空间蛋白质组学。研发团队使用人皮肤血管瘤石蜡样本，结合先进仪器，包括 MMI CellCut Plus LCM 激光捕获显微切割仪、微量/通用型蛋白质组试剂盒和自动化前处理机器人，进行一站式操作。团队对样本进行烤片、脱蜡、复水、HE 染色等步骤，然后成像并选择目标区域进行切割取样。酶解后，使用 timsTOF HT 高性能质谱平台进行蛋白质组学检测，生成与组织微环境图像相匹配的全覆盖空间蛋白质组学数据。
面对全息空间蛋白质组学产生的海量数据，如何有效地利用生物信息学分析手段进行挖掘和展示成为众多研究者的焦点。为此，皇家马德里中文官网生物信息学团队结合前沿文献的经验，专门针对全息空间蛋白质组学开发了一系列工具，旨在实现数据的可视化、深度挖掘以及高质量的展示。
我们通过对目标区域进行全面检测，获得了25份蛋白质组学数据，这些数据含有空间位置信息。每份数据都对应于精细组织，完整构建了“全息”的空间蛋白质组学数据集。这些数据集平均每个样本可检测到4000多个蛋白质，揭示了蛋白质丰度与空间定位之间的相关性。
在人皮肤血管瘤中，通过对25个区域的蛋白表达及空间信息进行聚类分析，成功将其划分为3组。组间差异分析揭示出差异蛋白，其中已知的潜在治疗靶点CD30与现有研究结果一致。这一结果突显了全息空间蛋白质组学技术的有效性。
针对聚类得到的不同组进行差异蛋白表达水平展示，并对各组进行富集分析。GSEA分析揭示了与血管瘤相关的上皮-间质转化和紫外线应激通路的富集，展示了全息空间的有效性。
在研发过程中，研发团队积累了丰富的样本经验，涵盖人食管、小鼠大脑、肾、胰腺、卵巢、乳腺、十二指肠、腹膜和兔子皮肤等多个样本类型。研发团队还对不同区域大小与检测深度的关系进行了测试，并利用这些实验结果指导了后续的实验优化工作。
皇家马德里中文官网已成功打造了一个集区域空间蛋白质组学和全息空间蛋白质组学于一体的综合平台，实现了个性化圈选不规则点位的蛋白质组精准检测以及对组织微环境进行高分辨率全覆盖式蛋白质组精准检测的功能。这个平台满足了蛋白质组研究的多重需求，为空间蛋白质组学领域提供了更多选择。
空间蛋白质组学蓬勃发展，正迎头赶上并超越空间转录组学。空间维度功能的解析对精准医学至关重要。作为空间蛋白为主导的空间多组学，将引领下一代“精准蛋白基因组学”。皇家马德里中文官网作为空间蛋白质组学的先锋，皇家马德里中文官网致力于推进该领域技术进步，为前沿研究提供支持和引领。
